Arrêt maladie CDD : démarches et conséquences sur le contrat de travail

Un salarié en contrat à durée déterminée (CDD) peut, comme tout salarié, être concerné par un arrêt maladie. Cette situation soulève des enjeux particuliers pour l’employeur, tant sur le plan juridique qu’organisationnel. Gestion de la suspension du contrat, maintien partiel de la rémunération, remplacement éventuel, … Autant d’aspects à anticiper pour rester conforme à la réglementation. Dans ce contexte, un outil de gestion des temps et des plannings s’avère précieux pour fiabiliser le suivi des absences. Tour d’horizon des règles applicables à l’arrêt maladie en CDD.

Les conditions pour bénéficier d’un arrêt maladie en CDD

Qu’est-ce qu’un arrêt maladie ?

L’arrêt maladie est une mesure encadrée par la loi qui permet à un salarié, sur prescription médicale, de s’absenter temporairement de son poste en raison de problèmes de santé. Durant cette période, le contrat de travail est suspendu, ce qui signifie que les obligations réciproques entre salarié et employeur (exécution du travail, versement du salaire) sont interrompues sans être rompues. 

Sous réserve de remplir certaines conditions, le salarié peut percevoir des indemnités journalières versées par l’Assurance Maladie (CPAM ou MSA), auxquelles peut s’ajouter, dans certains cas, un complément versé par l’employeur.

Qui peut prescrire un arrêt de travail ?

Tout médecin généraliste, spécialiste, hospitalier ou urgentiste peut prescrire un arrêt de travail, y compris le médecin du travail dans certains cas (maladie professionnelle, accident du travail, inaptitude). La prescription doit être médicalement justifiée et datée du jour de la consultation.

Quelles conditions faut-il remplir pour être indemnisé ?

Le salarié en CDD doit répondre aux mêmes critères d’indemnisation que tout autre salarié :

Quelles sont les démarches à suivre pour un arrêt maladie en CDD ?

Les obligations du salarié

Lorsqu’un salarié en CDD se retrouve en arrêt maladie, il doit respecter un cadre strict pour garantir ses droits à indemnisation. Il dispose d’un délai de 48 heures pour transmettre les documents suivants :

• Les volets 1 et 2 de l’avis d’arrêt de travail à sa Caisse primaire d’assurance maladie (CPAM) ou à la MSA selon son régime,
• Le volet 3 à son employeur.

Le non-respect de ce délai peut entraîner la suspension du versement des indemnités journalières (IJSS) par l’Assurance Maladie. 

Le rôle de l’employeur et de l’Assurance Maladie

À réception de l’arrêt de travail, l’employeur doit engager plusieurs démarches administratives et organisationnelles :

• Déclarer l’arrêt via la DSN (Déclaration Sociale Nominative),
• Vérifier l’éligibilité du salarié au maintien de salaire, et, le cas échéant, calculer et verser le complément prévu par la convention collective ou l’accord d’entreprise,
• Gérer l’absence dans les plannings RH, ce qui peut impliquer un remplacement temporaire.

De son côté, l’Assurance Maladie (CPAM ou MSA) est chargée de vérifier la validité médicale de l’arrêt et de procéder, si les conditions sont remplies, au versement des IJSS. Elle peut également diligenter un contrôle médical pour s’assurer du bien-fondé de l’arrêt.

Dans ce cadre, l’usage d’un logiciel de gestion des temps et des plannings, comme OCTIME, permet de fluidifier le traitement des absences et de sécuriser le suivi administratif, en particulier dans les structures où la gestion des CDD est fréquente.

Les effets de l’arrêt maladie sur le contrat CDD

Suspension du contrat

Un arrêt maladie entraîne la suspension temporaire du contrat de travail, sans y mettre fin. Le lien contractuel entre le salarié et l’employeur est maintenu, mais les obligations réciproques (travailler / verser un salaire) sont interrompues pendant la durée de l’arrêt. Cela signifie que le salarié n’est pas tenu de travailler, et que l’employeur n’est pas tenu de le rémunérer, sauf si un maintien de salaire est prévu par la loi, la convention collective ou encore, un accord d’entreprise.

Impact sur la fin de contrat

L’arrêt maladie n’a pas d’effet suspensif sur la durée du CDD. Sauf exception, le contrat continue de courir normalement et prend fin à la date prévue, même si le salarié est toujours en arrêt à ce moment-là. Il ne s’agit pas d’une rupture anticipée, mais de la fin naturelle du contrat.
Des exceptions peuvent exister, par exemple, si une convention collective prévoit une prolongation en cas de suspension, ou si l’employeur décide de prolonger le contrat à titre exceptionnel.

Acquisition de congés payés

Depuis la loi d’avril 2024, les salariés acquièrent désormais des congés payés pendant un arrêt maladie, sous conditions :

• En cas de maladie non professionnelle : 2 jours ouvrables par mois d’absence, dans la limite de 24 jours par an.
• En cas de maladie professionnelle ou d’accident du travail : 2,5 jours ouvrables par mois, dans la limite de 30 jours par an.

Ces règles s’appliquent à tous les salariés, y compris ceux en CDD, à condition qu’ils soient toujours liés contractuellement à l’entreprise au terme de leur arrêt.

Licenciement et arrêt maladie

Comme tout salarié, celui en CDD ne peut voir son contrat rompu en raison de son état de santé ou de son arrêt maladie, conformément aux principes de non-discrimination inscrits dans le Code du travail. Toutefois, cette règle n’empêche pas le contrat d’arriver à son terme à la date prévue, même si le salarié est toujours en arrêt. Il ne s’agit alors pas d’un licenciement, mais de la fin normale du contrat, qui ne nécessite aucune justification particulière de la part de l’employeur.

Quelles sont les conséquences financières pour un salarié en CDD en arrêt maladie ?

Indemnités journalières de la Sécurité sociale (IJSS)

Lors d’un arrêt maladie, le salarié en CDD peut percevoir des indemnités journalières de Sécurité sociale (IJSS) destinées à compenser partiellement la perte de salaire. Ces indemnités représentent généralement 50 % du salaire journalier brut, calculé sur la moyenne des salaires des trois derniers mois.

Ces règles s’appliquent aussi aux CDD saisonniers, aux intérimaires et aux intermittents du spectacle, mais avec certaines spécificités : pour ces salariés dont l’activité est souvent discontinue, la période de référence retenue pour le calcul des indemnités peut être élargie (jusqu’à 12 mois, par exemple pour les intermittents). Les conditions d’ouverture des droits (nombre d’heures travaillées ou montant de cotisations) restent en revanche identiques.

Un délai de carence de 3 jours s’applique, durant lequel aucune indemnisation n’est versée, sauf exceptions (accident du travail, maladie professionnelle, dispositions conventionnelles ou accords d’entreprises).

La durée de versement des IJSS varie selon le type d’arrêt :

• Maladie classique : versement jusqu’à 360 jours sur 3 ans,
• Affection de longue durée (ALD) : versement possible au-delà de 360 jours,
• Accident du travail / maladie professionnelle (AT/MP) : indemnisation spécifique sans délai de carence.

Maintien de salaire par l’employeur : possible sous conditions

Le salarié en CDD peut bénéficier d’un maintien partiel ou total de son salaire durant son arrêt maladie, sous réserve de remplir certaines conditions légales :

• Avoir au moins 1 an d’ancienneté dans l’entreprise à la date de l’arrêt,
• Transmettre l’arrêt de travail dans un délai de 48 heures à l’employeur,
• Percevoir effectivement les IJSS,
• Être soigné dans un pays de l’Espace économique européen (EEE) ou en Suisse,
• Ne pas être salarié saisonnier, intermittent ou intérimaire, catégories généralement exclues du maintien légal.

Certaines conventions collectives, accords d’entreprise ou usages locaux peuvent prévoir des conditions plus favorables, élargissant ou renforçant le maintien de salaire pour les salariés en CDD.

Comment reprendre le travail après un arrêt maladie en CDD ?

Visite médicale de reprise

Réalisée par le médecin du travail, la visite médicale de reprise permet de valider l’aptitude du salarié à reprendre son poste ou d’envisager un aménagement.

Cette visite est obligatoire après :

• Un arrêt de plus de 30 jours (maladie, accident non professionnel ou accident du travail),
• Un arrêt pour maladie professionnelle,
• Un congé maternité.

Temps partiel thérapeutique ou aménagement

Un salarié en CDD peut, avec l’accord du médecin traitant et sous réserve de validation par la CPAM, reprendre en temps partiel thérapeutique. L’employeur et le médecin du travail doivent également confirmer la faisabilité, mais cet aménagement n’est pas systématiquement accordé. Ce retour progressif vise à préserver la santé du salarié, tout en assurant la continuité de l’activité professionnelle.

Cas particuliers à connaître

Arrêt long ou répété

Des arrêts fréquents ou prolongés peuvent nécessiter une visite de préreprise, voire conduire à un avis d’inaptitude. En CDD, cela peut compliquer le renouvellement ou la transformation du contrat, l’employeur pouvant choisir de ne pas le reconduire tout en respectant les règles légales.

Contre-visite médicale

 Un arrêt de travail peut faire l’objet d’un contrôle médical pour vérifier sa justification.

• La CPAM peut diligenter un médecin-conseil.
• L’employeur peut organiser une contre-visite, dès lors qu’il verse un maintien de salaire ou un complément.
• L’organisme de prévoyance ou l’assureur complémentaire peut également mandater un médecin contrôleur si des indemnités supplémentaires sont versées.

Si le contrôle conclut que l’arrêt est injustifié, les indemnités journalières de la Sécurité sociale (IJSS) et les compléments de salaire peuvent être suspendus.

Arrêt maladie pendant la période d’essai

L’arrêt maladie suspend le décompte de la période d’essai, qui reprendra à la date de reprise effective du salarié, à condition que le contrat soit toujours en cours. Toutefois, dans le cadre d’un CDD, si le contrat arrive à son terme pendant l’arrêt, il prend fin à la date prévue, même si la période d’essai n’a pas pu être pleinement réalisée.

L’arrêt maladie en CDD est strictement encadré par le droit du travail. Il offre au salarié une protection comparable à celle du CDI, mais avec des limites liées à la nature temporaire du contrat. Pour l’entreprise, l’enjeu est d’assurer une gestion fluide des absences, en particulier lorsque le remplacement du salarié est nécessaire. Les outils de gestion des temps et des plannings comme OCTIME permettent de répondre à ces exigences en simplifiant le suivi des absences et la gestion des remplacements via STAFFELIO, tout en assurant la conformité avec la législation en vigueur.