Arrêt maladie en CDI : démarches et impact sur la relation de travail

Lorsqu’un employé en contrat à durée indéterminée (CDI) est confronté à un problème de santé, il peut être contraint de s’arrêter temporairement de travailler. L’arrêt maladie encadre cette situation, garantissant à l’employé une protection sociale tout en imposant un cadre clair à l’employeur. Dans ce contexte, un logiciel de gestion des temps et des plannings facilite le suivi des absences, en automatisant la déclaration, la gestion et le remplacement éventuel de l’employé concerné. Focus sur les règles à connaître pour bien gérer un arrêt maladie en CDI. 

Les conditions pour bénéficier d’un arrêt maladie en CDI 

Qu’est-ce qu’un arrêt maladie ? 

Un arrêt maladie, ou arrêt de travail pour raison médicale, est un dispositif permettant à un employé de suspendre temporairement son activité professionnelle pour raison de santé, sur prescription d’un médecin. Il vise à protéger la santé de l’employé tout en garantissant ses droits sociaux pendant la période d’incapacité. L’arrêt maladie donne lieu, sous conditions, à une indemnisation partielle par la Caisse Primaire d’Assurance Maladie (CPAM) ou la Mutualité Sociale Agricole (MSA), parfois complétée par l’employeur. 

Qui peut prescrire un arrêt maladie ? 

Un arrêt de travail peut être prescrit par : 

• Le médecin traitant du salarié ; 

• Un autre médecin généraliste ou spécialiste, même s’il n’est pas le médecin traitant ; 

• Un médecin exerçant en milieu hospitalier (généraliste ou spécialiste) ; 

• En cas d’urgence, un médecin des urgences ; 

• Le médecin du travail, uniquement dans le cadre d’un accident du travail, d’une maladie professionnelle, ou d’une déclaration d’inaptitude. 

La prescription doit être justifiée médicalement et datée du jour de la consultation. Elle constitue un acte légal encadré par le Code de la sécurité sociale. 

Quelles sont les conditions à remplir ? 

Les conditions d’indemnisation d’un arrêt maladie diffèrent selon sa durée. Voici un récapitulatif des critères à remplir pour bénéficier des indemnités journalières versées par l’Assurance Maladie. 

Critères	Arrêt de travail ≤ 6 mois	Arrêt de travail > 6 mois
Affiliation à la Sécurité sociale	Depuis au moins 12 mois à la date de l’arrêt	Depuis au moins 12 mois à la date de l’arrêt
Activité minimale requise	Avoir travaillé 150 heures au cours des 3 derniers mois	Avoir travaillé 600 heures au cours des 12 derniers mois
Ou	Avoir cotisé sur un revenu équivalent à 1 015 fois le SMIC horaire	Avoir cotisé sur un revenu équivalent à 2 030 fois le SMIC horaire
Justification médicale	Certificat médical d’arrêt maladie	Certificat médical et avis médical justifiant la prolongation
Obligation de transmission	Transmettre le certificat dans les 48 heures à la CPAM et à l’employeur	Idem : obligation de transmission sous 48 h
Droit aux IJ	Oui, si toutes les conditions sont remplies	Oui, si toutes les conditions sont remplies

 

Les démarches à suivre en cas d’arrêt maladie 

Comment se passe un arrêt maladie en CDI ? 

Lorsqu’un employé est en arrêt, il doit transmettre les volets 1 et 2 du certificat à la CPAM, et le volet 3 à son employeur, dans les 48 heures suivant la prescription. Le non-respect de ce délai peut entraîner une réduction ou une suspension des indemnités. 
En outre, si le salarié ne respecte pas son obligation d’information et de transmission vis-à-vis de l’employeur, il s’expose à une sanction disciplinaire pouvant aller jusqu’au licenciement. 

Dès réception du volet 3, l’employeur doit : 

• Déclarer l’arrêt de travail à la sécurité sociale via la Déclaration Sociale Nominative (DSN), 

• Calculer, le cas échéant, le complément de salaire prévu par la loi ou la convention collective, 

• Assurer le suivi administratif et RH de l’absence du salarié. 

L’utilisation d’un logiciel de gestion des temps et des plannings, comme OCTIME, facilite ce suivi en automatisant les calculs d’absence et l’ajustement des plannings d’équipe. 

La CPAM : rôle de contrôle et d’indemnisation 

La Caisse Primaire d’Assurance Maladie (CPAM) examine les arrêts, contrôle leur validité et verse les indemnités journalières à l’employé, sous réserve du respect des conditions. 
La CPAM peut également missionner un médecin-conseil pour vérifier si l’arrêt est médicalement justifié. En cas d’irrégularité ou de non-respect des obligations (comme l'absence lors d’un contrôle à domicile), le versement des indemnités peut être suspendu. 
Enfin, la CPAM assure le lien entre l’employé, l’employeur et les professionnels de santé, jouant un rôle central dans la gestion administrative et financière de l’arrêt maladie. 

Les conséquences de l’arrêt maladie sur le contrat CDI 

Suspension du contrat de travail 

Un arrêt maladie suspend le contrat de travail, sans le rompre. L’employé cesse de travailler temporairement, mais conserve son lien contractuel avec l’entreprise. Cette suspension signifie qu’aucune prestation de travail n’est fournie et qu’aucune rémunération n’est due par l’employeur (sauf dispositions particulières comme le maintien de salaire prévu par la convention collective ou la loi). 

Impact sur les congés payés 

En principe, une période d’arrêt maladie ne permet pas d’acquérir de congés payés. Toutefois, depuis la loi d’avril 2024, la réglementation française reconnaît désormais l’acquisition de congés payés pendant un arrêt maladie, qu’il soit d’origine professionnelle ou non.  Il est désormais possible de cumuler jusqu’à 2 jours ouvrables de congés par mois d’arrêt, dans la limite de 24 jours par an. En cas de maladie professionnelle, le calcul reste fixé à 2,5 jours par mois, avec un plafond de 30 jours par an. Les congés non pris en raison d’un arrêt maladie survenu avant le départ en congé peuvent être reportés pendant une durée maximale de 15 mois après la reprise du travail. 

Protection contre le licenciement 

Un salarié ne peut pas être licencié parce qu'il est malade. C'est une discrimination liée à l'état de santé. Cependant, le licenciement reste possible dans certaines situations spécifiques telles que : 

• Perturbation de l’activité de l’entreprise ; 

• Motif économique ; 

• Licenciement disciplinaire ; 

• Inaptitude du salarié ; 

• Licenciement pour cause réelle et sérieuse. 

L’indemnisation de l’employé en CDI en arrêt maladie 

Les indemnités journalières de la sécurité sociale (IJSS) 

Les indemnités journalières sont un revenu de remplacement versé par l'Assurance Maladie. Elles compensent partiellement la perte de salaire pendant un arrêt de travail, et s’élèvent à 50 % du salaire brut journalier ou encore appelé « salaire journalier de base », dans la limite d’un plafond fixé par la sécurité sociale. Elles sont versées après un délai de carence de 3 jours, sauf dispositions conventionnelles plus favorables. La durée d’indemnisation varie selon la situation : jusqu’à 360 jours pour une maladie classique, 3 ans pour une affection de longue durée, et sans limite fixe pour un accident du travail ou une maladie professionnelle. 

Le maintien de salaire par l’employeur 

Le maintien de salaire par l’employeur vient en complément des indemnités journalières versées par la sécurité sociale. Il permet de compenser tout ou partie de la perte de revenus liée à l’arrêt maladie, à condition que le salarié remplisse les critères prévus par le Code du travail :   

• Avoir au moins 1 an d'ancienneté dans l'entreprise (calculée à partir de votre 1er jour d'absence), 

• Avoir transmis à l'employeur le certificat médical dans les 48 heures, 

• Bénéficier des indemnités journalières (IJ) versées par la Sécurité sociale, 

• Être soigné en France ou dans l'un des États membres de l'Espace économique européen (EEE), 

• Ne pas être travailleur à domicile ou salarié saisonnier, intermittent ou temporaire. 

Ce maintien est progressif : le pourcentage de la rémunération maintenue peut varier selon la durée de l’arrêt. Il est également limité dans le temps, en effet la période maximale de maintien dépend de l’ancienneté du salarié et des dispositions conventionnelles ou contractuelles de l’entreprise. 

Par ailleurs, un délai de carence peut s’appliquer avant le début du maintien de salaire par l’employeur. En l'absence de dispositions plus favorables, ce délai est généralement de 7 jours à compter du début de l’arrêt. Cependant, certaines conventions collectives prévoient la suppression de ce délai ou un maintien dès le premier jour d’absence.  

Retour au travail après un arrêt maladie 

Visite médicale de reprise 

La visite médicale de reprise est un examen obligatoire réalisé par le médecin du travail après certains arrêts maladies afin de vérifier si le salarié est apte à reprendre son poste. Elle concerne les arrêts pour maladie ou accident non professionnel de plus de 30 jours, ainsi que tout arrêt lié à une maladie professionnelle ou un congé maternité, quelle qu’en soit la durée.  

L’employeur doit l’organiser dans les 8 jours suivant la reprise effective du travail. Cette visite permet également d’envisager, si nécessaire, des aménagements de poste, un reclassement ou de constater une inaptitude.  

Aménagement du poste ou reprise à temps partiel thérapeutique 

Le médecin du travail peut recommander un temps partiel thérapeutique, permettant à l’employé de reprendre progressivement son activité après un arrêt de travail pour raisons de santé. Cette mesure vise à favoriser la réinsertion professionnelle tout en tenant compte des capacités physiques ou psychologiques de l’employé. 
L’accord de l’employeur et de la CPAM ou la MSA est requis pour mettre en place ce dispositif.  

L’employeur peut également proposer un aménagement du poste de travail (modification des tâches, adaptation des horaires, équipement spécifique) en lien avec les préconisations du médecin du travail. 
L’objectif est de concilier la reprise d’activité avec la santé de l’employé, en assurant des conditions de travail compatibles avec son état de santé. 

Points de vigilance et situations particulières 

Arrêt maladie longue durée ou répété 

Des arrêts de travail fréquents ou de longue durée peuvent nécessiter un suivi renforcé par la médecine du travail. Dans ce cadre, des visites de préreprise peuvent être organisées afin d’anticiper les conditions de retour du collaborateur. L'employeur peut également, dans certains cas, solliciter une expertise médicale pour évaluer l’aptitude de l’employé à reprendre son poste. Si l’état de santé ne permet pas une reprise dans des conditions normales, une procédure d’inaptitude professionnelle peut être envisagée, conformément aux recommandations du médecin du travail. 

Contrôle médical et contre-visite 

L’employeur ou la CPAM ont la possibilité de faire procéder à une contre-visite médicale afin de vérifier la justification de l’arrêt de travail. En cas de constat d'abus ou d’absence injustifiée, cela peut entraîner des conséquences telles que la suspension du complément de salaire versé par l’employeur. Dans certaines situations, une procédure disciplinaire, voire un licenciement pour faute grave, peut être engagée. 

Arrêt maladie pendant période d’essai ou préavis 

Un arrêt maladie survenant pendant la période d’essai a pour effet d’interrompre le décompte de cette période, qui reprendra à la reprise effective du travail. De même, lorsqu’un arrêt intervient au cours d’un préavis de rupture (démission ou licenciement), celui-ci est suspendu. Le préavis ne recommencera qu’à l’issue de l’arrêt, sauf si l’employeur décide expressément de dispenser l’employé de l’exécution du préavis. 

Reprise à temps partiel thérapeutique 

Le temps partiel thérapeutique permet à un employé de reprendre progressivement une activité professionnelle, tout en continuant à percevoir des indemnités journalières de la sécurité sociale (IJSS). Ce dispositif repose sur une coordination étroite entre le médecin traitant, le médecin du travail, la CPAM et l’employeur. Il doit être justifié médicalement et validé par l’ensemble des parties prenantes pour garantir une reprise adaptée à l’état de santé de l’employé. 

 

L’arrêt maladie en CDI est un droit encadré, protégeant à la fois la santé du salarié et les intérêts de l’employeur. Il implique toutefois une gestion rigoureuse des démarches, des délais et des obligations légales. L’utilisation d’un logiciel de gestion des temps et des plannings comme OCTIME permet de simplifier le suivi des absences, d’automatiser les démarches administratives et d’assurer la conformité avec la législation en vigueur, tout en facilitant la communication entre les différents acteurs (salarié, employeur, CPAM ou MSA).